Metroid Prime: Federation Force spaltet die Fangemeinde – in zwei ziemlich ungleich große Teile wohlgemerkt – doch am 2. September wird es in Europa für Nintendo 3DS erscheinen. Nintendo veröffentlichte nun einen neuen Trailer, der sich der Story des Spiels widmet. Diese Story beschreibt Nintendo auf der offiziellen Website so:
In der Galaxie herrscht große Unruhe. Nach der Zerstörung des Phazon und der verdorbenen Welt Phaaze bleibt die Bedrohung der Weltraumpiraten bestehen. Als Rekrut der Federation Force, einer Elitetruppe der Galaktischen Föderation, erhältst du die Aufgabe, der Bedrohung durch die Weltraumpiraten ein Ende zu setzen. Also streifst du dir eine besondere Kampfrüstung namens Mech über und begibst dich ins verlassene Bermuda-System, um den Berichten über verdächtige Aktivitäten nachzugehen. Unterwegs musst du mit deiner handlichen Waffe alle Gegner ausräumen, die sich dir in den Weg stellen!