Metroid Prime: Federation Force spaltet die Fangemeinde – in zwei ziemlich ungleich große Teile wohlgemerkt. Es gab gar eine Petition, welche den Abbruch der Entwicklung des Spiels forderte. Doch Nintendo blieb eisern. Wenn es im Veröffentlichungstrailer heißt: „Die Galaktische Föderation braucht dich“, klingt das angesichts der Vorgeschichte aber fast wie ein Hilfeschrei.
Diese Story beschreibt Nintendo auf der offiziellen Website so:
In der Galaxie herrscht große Unruhe. Nach der Zerstörung des Phazon und der verdorbenen Welt Phaaze bleibt die Bedrohung der Weltraumpiraten bestehen. Als Rekrut der Federation Force, einer Elitetruppe der Galaktischen Föderation, erhältst du die Aufgabe, der Bedrohung durch die Weltraumpiraten ein Ende zu setzen. Also streifst du dir eine besondere Kampfrüstung namens Mech über und begibst dich ins verlassene Bermuda-System, um den Berichten über verdächtige Aktivitäten nachzugehen. Unterwegs musst du mit deiner handlichen Waffe alle Gegner ausräumen, die sich dir in den Weg stellen!
